En 1996, Jean-Michel Lejeune et Philippe Lallite conçoivent l’idée d’un festival dédié à la musique contemporaine à Dijon. L’objectif est à la fois artistique et pédagogique : donner à voir, à entendre et à pratiquer des formes musicales peu connues, et participer à la création musicale en France et en région. La première édition du festival Why Note est un succès et l’association acquiert très rapidement une belle notoriété auprès des professionnels et du monde musical. De 1996 à 2002, Why Note accueille à Dijon les plus grands noms des musiques d’aujourd’hui : K. Stockhausen, G. Crumb, S. Reich, L. Ferrari, M. Levinas, le Kronos quartet, les ensembles Modern, Klangforum, Intercontemporain....
Jean-Michel Lejeune part en 2003 pour l’IRCAM et cède la direction artistique à Nicolas Thirion. Celui-ci, sans renier l’ancrage du festival dans les musiques dites contemporaines, revendique une approche ouverte et transversale et propose des musiques improvisées, électroniques, free rock, performances, arts sonores... Il met en place des actions et événements tout au long de l’année : résidences, actions pédagogiques et de médiation, coproductions, temps forts spécifiques autour de thématiques, etc.